Кроме черепах, всех современных рептилий принято относить к группе диапсид, останки которых известны c середины палеозоя. Однако крокодилы - одна из групп пресмыкающихся, наиболее рано (в позднем палеозое, более 200 млн. лет назад) отделившаяся от основного древа диапсид. Они принадлежат к подклассу Архозавров (Archosauria), которые были господствующими рептилиями в мезозое. Этот подкласс включал в себя пять отрядов: Crocodylia, Saurischia и Ornithischia (ящеротазовые и птицетазовые динозавры), Pterosauria (птицеящеры) и Thekodontia.